Η διαμονή του Λευκάδιου Χερν στη Νέα Ορλεάνη αποδείχτηκε πολύ ενδιαφέρουσα. Έζησε εκεί περίπου για μια δεκαετία δουλεύοντας ως αρθρογράφος σε εφημερίδες. Ο τρόπος δουλειάς του στην εφημερίδα Daily City Item άλλαξε άρδην το χαρακτήρα της εφημερίδας. Την ίδια περίοδο δούλεψε ως χαράκτης δημιουργώντας αξιόλογα χαρακτικά, ασχολία την οποία εγκατέλειψε επειδή επηρέαζε την ήδη επιβαρυμένη όρασή του. Στα τέλη του 1881 ανέλαβε τη θέση αρχισυντάκτη στην εφημερίδα Times Democrat. Εδώ καταπιάστηκε και πάλι με τις  μεταφράσεις ξένων συγγραφέων, κυρίως Γάλλων, βοηθώντας το έργο των Ανατόλ Φρανς, Ζεράρ ντε Νερβάλ και ιδίως του Πιέρ Λοτί, που επηρεασε πολύ και το λογοτεχνικό έργο του ίδιου του Χερν, να γίνουν γνωστά στις Η.Π.Α. . Δημοσίευσε, επίσης, σε άλλα έντυπα άρθρα για τους Φιλιππινέζους στην Αμερική, τον κρεολικό πληθυσμό της πόλης και την ιδιαίτερη κουζίνα του, τη Γαλλική Όπερα, το Βουντού της Λουϊζιάνα και τη Μαύρη Μουσική.

Γενικότερα, τα άρθρα του Χερν βοήθησαν να γίνει περισσότερο γνωστή η κουλτούρα και ο τρόπος ζωής της Νέας Ορλεάνης που εκείνη την εποχή θύμιζε περισσότερο την Ευρώπη και την Καραϊβική. Τα γνωστότερα βιβλία που έγραψε ο Χερν κατά την παραμονή του εκεί είναι: «Μικρό λεξικό κρεολικών παροιμιών» (1885), «Η κρεολική κουζίνα» (1885), «Μία ανάμνηση του χαμένου νησιού» (1889). Από όσους έχουν ζήσει στη Νέα Ορλεάνη, μόνο για τον Λούις Άρμστρονγκ έχουν γραφτεί περισσότερα βιβλία από όσα για τον Χερν.

Το Harper’s έστειλε τον Χερν στις Γαλλικές Δυτικές Ινδίες ως ανταποκριτή το 1887. Πέρασε δύο χρόνια στη Μαρτινίκα και, εκτός από τα κείμενά του για το περιοδικό, έγραψε δύο βιβλία: «Δυο χρόνια στις Γαλλικές Δυτικές Ινδίες και Γιούμα», η «Ιστορία μιας σκλάβας των Δυτικών Ινδιών», που δημοσιεύθηκαν το 1890.

Ωστόσο ο αποφασιστικός σταθμός στη ζωή του δεν είχε έλθει ακόμη.

Το 1890 πήγε ως απεσταλμένος μίας εφημερίδας στο Τόκιο. Η αποστολή γρήγορα τελείωσε αλλά ο Χερν αποφάσισε να παραμείνει. Με τη βοήθεια ενός Άγγλου καθηγητή στο Πανεπιστήμιο του Τόκιο διορίστηκε καθηγητής στη Νομαρχιακή Σχολή του Σιμάνε στο Ματσούε, πόλη της δυτικής Ιαπωνίας, στις ακτές της Ιαπωνικής Θάλασσας. Εκεί γνώρισε και παντρεύτηκε την Σέτσου Κοιζούμι, κορη μιας τοπικής οικογένειας σαμουράι. Μαζί απέκτησαν τρεις γιους και μια κόρη, τους Κάζουο, Ιβάο, Κιγιόσι και την Σουτζούκο. Στα τέλη της επόμενης χρονιάς και πάλι με τη βοήθεια του Άγγλου φίλου του, μετακομίζει στην πόλη Κουμαμότο ως καθηγητής στην Πέμπτη Ανώτερη Σχολή. Εκεί ολοκλήεωσε και το πρώτο του βιβλίο σε ιαπωνικό έδαφος με τίτλο «Ματιές στην άγνωστη Ιαπωνία» (1894).Τον Οκτώβριο του 1894 προσλήφθηκε ως δημοσιογράφος στην αγγλόφωνη εφημερίδα The Kobe Chronicle και μετακόμισε στο Κόμπε.

Ζώντας στην Ιαπωνία τη εποχή του δυτικού εκσυγχρονισμού της, ο Χερν αγάπησε παράφορα τον παλιό πολιτισμό και τις παραδόσεις της Ιαπωνίας που χάνονταν κατά τη διάρκειά του. Διέθετε μία τεράστια βιβλιοθήκη που αποτελούνταν από 2400 τόμους, η οποία σήμερα βρίσκεται στο Πανεπιστήμιο της Τογιάμα. Οι σημειώσεις του στο περιθώριο των σελίδων τους θα μπορούσαν κάλλιστα να αποτελέσουν αντικείμενο μελέτης. Όσα χρήματα κέρδιζε, τα διέθετε στην αγορά βιβλίων.

Ο τρόπος που έγραψε τις ιαπωνικές ιστορίες του έχει μεγάλο ενδιαφέρον. Ένας παλιός του μαθητής από το Ματσούε, τον οποίο είχε προσλάβει ως γραμματέα, ο Μασανομπού Ότανι, συγκέντρωνε για λογαριασμό του κείμενα από παλιά βιβλία. Αυτό το υλικό ο Χερν το επεξεργαζόταν με τη βοήθεια της συζύγου του. Της έδινε να διαβάσει τις ιστορίες και κατόπιν ζητούσε να του τις αφηγηθεί, αφού πρώτα τις είχε αφομοιώσει. Της έλεγε: «Δεν θέλω να μου τις διαβάζεις από το βιβλίο. Προτιμώ τις δικές σου λέξεις και φράσεις. Διαφορετικά δεν μου κάνει».

Τον Ιανουάριο του 1896 πολιτογραφείται Ιάπωνας με το όνομα Γιάκουμο Κοιζούμι, λαμβάνοντας ουσιαστικό το επώνυμο της συζύγου του. Τον Αύγουστο του ίδιου έτους αρχίζει να διδάσκει αγγλική λογοτεχνία στο Αυτοκρατορικό  του Τόκιο ως το 1903. Το 1904 διδάσκει στο Πανεπιστήμιο Ουασέντα στο Σιντζούκου στο Τόκιο. Στις 26 Σεπτεμβρίου 1904 πέθανε από καρδιακή ανακοπή σε ηλικία 54 ετών. Ο τάφος του είναι στο Νεκροταφείο Ζοσιγκάγια, στο Τοσίμα του Τόκιο.

Ήταν ιδιαίτερα μοναχικός και κλεινόταν επί ώρες στο γραφείο του με συντροφιά τους ήρωες του. Όταν η όρασή του χειροτέρεψε ακόμη περισσότερο, παρήγγειλε ένα τραπέζι πολύ ψηλότερο από το συνηθισμένο, που έφτανε σχεδόν μέχρι τον λαιμό του ώστε να μπορεί να γράφει κολλώντας τη μύτη του στο χαρτί χωρίς να σκύβει. Θεωρείται ο πιο αυθεντικός δυτικός ερμηνευτής της Ιαπωνίας.

Τον ιούλιο του 2014 εγκαινιάστηκε μουσείο με το όνομά του στη Λευκάδα. Υπάρχει επίσης ένα πολιτιστικό κέντρο με το όνομα του Χερν στο Πανεπιστήμιο του Ντάραμ στη βορειοανατολική Αγγλία. Στην Ιαπωνία τρία κύρια μουσεία για τον Λευκάδιο Χερν βρίσκονται στο Ματσούε, στο Κουμαμότο και στο Γιαϊζού.

Τα έργα του της περιόδου της Ιαπωνίας είναι:

1. Glimpses of Unfamiliar Japan (1894)

2. Out of the East: Reveries and Studies in New Japan (1895)

3. Kokoro: Hints and Echoes of Japanese Inner Life (1896)

4. Gleanings in Buddha-Fields: Studies of Hand and Soul in the Far East (1897)

5. Exotics and Retrospectives (1898)

6. Japanese Fairy Tales (1898-1922), πέντετεύχη

7. In Ghostly Japan (1899)

8. Shadowings (1900)

9. A Japanese Miscellany (1901)

10. Kotto: Being Japanese Curios, with Sundry Cobwebs (1902)

11. Kwaidan: Stories and Studies of Strange Things (1904)

12. Japan: AnAttemptatInterpretation (1904), το οποίο εκδόθηκε αμέσως μετά τον θάνατό του.